Die heutige Kirche steht an der Stelle eines älteren Gotteshauses, das unter Kaiser Friedrich II. in eine Moschee umgewandelt wurde. Das wurde notwendig, weil die von ihm im benachbarten Kastell Lucera aus Sizilien hier angesiedelten Sarazenen dem islamischen Glauben anhingen. Aus den Sarazenen formierte Friedrich auch seine Leibgarde. Nach der Ermordung oder Versklavung der Sarazenen 1300 unter Karl II. von Anjou wurde auch die Moschee zerstört. Karl II. gab den Auftrag, an dieser Stelle die heutige Kirche zu errichten, sein ausführender Baumeister war wahrscheinlich Pierre d’Agincourt. Der Bau war bis 1317 abgeschlossen. Im 16. und 17. Jahrhundert wurde die Kirche im Inneren nach dem Geschmack des Barock umgestaltet; diese Änderungen wurden im 19. Jahrhundert teilweise entfernt. Papst Gregor XVI. erhob die Kirche 1834 in den Rang der Basilika minor.